Makoto Shinkai syntyi vuonna 1973 Naganossa, Japanissa. Shinkai opiskeli yliopistossa kirjallisuutta, ja alkoi piirtää kuvakirjoja. Yliopiston jälkeen hän työskenteli viisi vuotta Falcom-videopelifirmassa. Ensimmäinen oma animaatio, 5-minuuttinen She and Her Cat valmistui 1999. Shinkai teki ensimmäisen pidemmän animaatioelokuvansa Voices of a Distant Star (2002)  Manga Zoo –lehden sponsoroimana. The Place Promised in Our Early Days (2004) kuvaa nuoria kuvitteellisen sisällissodan jälkeisessä jakaantuneessa Japanissa. 5 Centimeters per Second (2007) jatkaa Shinkain keskeistä teemaa, romanttisia liki kohtaamisia ihmisten välillä. Children Who Chase Lost Voices from Deep Below (2011) ja The Garden of Words (2013) vakiinnuttivat Shinkain aseman uuden sukupolven kiinnostavana animeohjaajana. your name. on kaikkien aikojen eniten elokuvateatterilippuja myynyt anime-elokuva Japanissa. Makoto Shinkaista onkin alettu puhua uutena Hayao Miyazakina – tosin hän itse suuresti Miyazakia ihailevan kieltää vertailun.